第1回
井伊谷の少女
井伊家の娘として幸せに育った少女は、家を継ぐつもりだったが亀之丞との縁談を機に、当主の妻として井伊家を支える決意をする。しかし亀之丞の父に謀反の疑いがかかる。
第2回
崖っぷちの姫
今川の追手から逃れるため、おとわの策で亀之丞は信州へ逃れのびる。直満(宇梶剛士)殺害後、井伊家の実権を狙う政直(吹越満)は、息子とおとわの結婚により家督相続を目論む。
第3回
おとわ危機一髪
鶴丸との結婚を退け出家を図ったおとわが今川義元(春風亭昇太)の怒りに触れ、直盛(杉本哲太)は人質として差し出すよう迫られる。南渓和尚(小林薫)は収拾を約し、おとわを伴い駿府の今川館へ赴く。
第4回
女子にこそあれ次郎法師
井伊家の本領安堵の条件で、おとわは正式に出家して家督を継ぐ男子の名「次郎(辰巳琢郎)法師」を名乗ることになる。昊天(小松和重)や傑山(市原隼人)のもとで厳しい修行が始まる一方、井伊谷には政直(吹越満)を狙う北条の者が現れる。
第5回
亀之丞帰る
修行を積む次郎(辰巳琢郎)法師のもとに、安否の知れなかった亀之丞が帰り来る。三河平定へ動き出した今川氏の後ろ盾で家中に影を濃くした政直(吹越満)が、まさかの病の床に就く。
第6回
初恋の別れ道
帰郷して元服した亀之丞は直親(三浦春馬)と名乗る。次郎(辰巳琢郎)法師との結婚を目指すが、彼女の出家が本領安堵の条件だったため政次(高橋一生)が反対し、直親はある提案を持ちかける。
第7回
検地がやってきた
井伊家存続のため直親(三浦春馬)との別れを決意した次郎(辰巳琢郎)法師。政次(高橋一生)は直親の帰参と家督継承の承認を求めて今川館へ赴くが、義元(春風亭昇太)は井伊谷での大規模な検地を条件に出し、川名の隠された里を案じる直平(前田吟)は激怒する。
第8回
第9回
桶狭間に死す
桶狭間の戦いで今川軍が敗れ、父・直盛(杉本哲太)の討死を知らされる次郎(辰巳琢郎)法師。負傷兵の看病に追われる中で最期の様子を聞き、元康は本拠・岡崎城へ戻り今川家からの独立を果たす。
第10回
走れ竜宮小僧
しの(貫地谷しほり)の父を殺めてしまった政次(高橋一生)は次郎(辰巳琢郎)法師に保護を求め、寺に匿われる。姉なつから事件の思いがけない真実を聞かされたしのもとで、今川と決裂した元康のために駿府に残された瀬名(菜々緒)が危機を迎える。
第11回
さらば愛しき人よ
瀬名(菜々緒)を救おうとする次郎(辰巳琢郎)法師のもとに、元康からの感謝の贈り物が届く。離反者への粛清を強める今川に対し、直親(三浦春馬)は訣別して元康と組む道を選び、秘密裏に対面するが…。
第12回
おんな城主直虎
今川の招きで駿府へ向かった直親(三浦春馬)らは、次郎(辰巳琢郎)法師の祈りも届かず掛川で包囲される。嫡男・虎松の命まで求められた井伊家のため新野は助命を請うが、思いがけない条件を突きつけられる。
第13回
城主はつらいよ
井伊家の当主となった直虎(柴咲コウ)は、虎松の成長まで国を守る後見役として立ち上がるが、家臣や虎松の母から反発を受ける。そんな中、村の農民が領主交代の機会に借金帳消しを求めて訴え出る。
第14回
徳政令の行方
徳政令を反故にした直虎(柴咲コウ)に怒る百姓らが神社の禰宜を通じ今川へ直訴。政次(高橋一生)が発布を命じる今川の書状を読むが、直虎は意外な手段で退け、窮した百姓は最終手段に出る。
第15回
おんな城主 対 おんな大名
徳政令を退けた直虎(柴咲コウ)の態度に怒った寿桂尼(浅丘ルリ子)は、駿府への出頭を命じる。かつて直親(三浦春馬)が呼び出しの途中で命を落としたことから家臣たちは不安を抱くが、直虎は虎松の後見を手放さず、駿府行きを決める。
第16回
綿毛の案
駿府から戻った直虎(柴咲コウ)は、井伊家再建の新産業として木綿栽培を提案され、瀬戸村の甚兵衛(山本學)に相談する。しかし領内は人手不足で担い手がおらず、村々を回る直虎は水浴びする若者に出会う。
第17回
消された種子島
直之(矢本悠馬)が持ち込んだ鉄砲の威力を見た直虎(柴咲コウ)は、井平での生産を思いつく。一方、寺で子どもたちと五目並べをした虎松は、手加減がなくなると連敗し、寺へ通わなくなる。
第18回
あるいは裏切りという名の鶴
政次(高橋一生)は直虎(柴咲コウ)が密かに造らせた種子島を奪い、今川への謀反の疑いを負わせ、虎松の後見を降りるよう迫る。直虎は後見譲渡を約束して駿府へ向かうが、方久(ムロツヨシ)が今川館へ回り込み、氏真(尾上松也)への種子島売り込みに成功する。
第19回
罪と罰
隣領の近藤から井伊の者が木を盗んだと訴えられ、直虎(柴咲コウ)は現場の確認に向かう。両領の山が荒らされていたことが判明し、監視を続けて捕らえた犯人は、かつて人を集める策を教えた旅の男だった。
第20回
第三の女
直親(三浦春馬)の娘だと称する少女・高瀬(髙橋ひかる)が井伊谷に現れ、動揺する直虎(柴咲コウ)は身元が確かめられるまで屋敷に置くと決める。しの(貫地谷しほり)が高瀬に会いに行くが対応は予想外で、政次(高橋一生)は武田の間者ではないかと疑う。
第21回
ぬしの名は
綿布の販路を気賀に求めた直虎(柴咲コウ)は、市場で異国の品に見とれた隙に銭を盗まれる。盗人を追ううち捕らえられ、地下牢で盗賊団の頭と対面する。
第22回
虎と龍
材木事業のため、直虎(柴咲コウ)は過去に木を盗んだ龍雲丸(柳楽優弥)の一行を井伊谷に招き入れる。家臣の反対を押し切ったものの、配下の者が賭場を開くなど領民との揉め事が絶えず、目論見は外れてしまう。
第23回
盗賊は二度仏を盗む
龍雲丸(柳楽優弥)の一行と宴を開いた翌朝、近藤の菩提寺から仏が奪われる事件が起きる。一行への疑いをかけられ引き渡しを迫られた直虎(柴咲コウ)は彼らの脱出を図るが、南渓は代替の仏を寄して手打ちとする道を探る。
第24回
第25回
材木を抱いて飛べ
井伊の材木の買い手が現れて直虎(柴咲コウ)たちは意気込むが、商い先の成川屋が徳川への材木流用をしていたと発覚。気賀では龍雲丸(柳楽優弥)が新党を旗揚げし、駿府では武田への対抗策・塩止めが進む。
第26回
誰がために城はある
龍雲丸(柳楽優弥)が井伊の材木を取り戻し、直虎(柴咲コウ)への謀反の疑いは晴れる。しかし材木は今川の手で気賀へ運ばれ、同地への築城に怒った龍雲丸が乱を起こしたため、直虎は収拾のため気賀へ向かう。
第27回
気賀を我が手に
気賀の人々が井伊谷を訪れ、城主には大沢氏でなく直虎(柴咲コウ)を、と訴える。方久(ムロツヨシ)は港を確保して商いを広げようと今川の重臣に近づくが、武田義信(オレノグラフィティ)の自刃を伝える急報が今川に届く。
第28回
第29回
女たちの挽歌
直虎(柴咲コウ)は上杉と結び武田の動きを抑える案を家康(阿部サダヲ)に伝えるが、同時に武田から今川攻めへの参加を持ちかけられる。その頃駿府では寿桂尼(浅丘ルリ子)がいまわの際を迎え、同盟の証としてしのを人質に差し出すよう求められる。
第30回
潰されざる者
武田との戦局が迫る駿府で、氏真(尾上松也)は国衆に出陣準備を命じ、直虎(柴咲コウ)も徳川との密通を伏せたまま応じる。氏真は井伊谷を直轄とすべく、気賀の新蔵建設を条件に方久(ムロツヨシ)へ井伊家潰しへの加担を持ちかける。
第31回
第32回
復活の火
政次(高橋一生)は氏真(尾上松也)の信頼を得るが、武田と徳川による今川攻めが不可避の情勢となる。直虎(柴咲コウ)は遠江侵攻への協力と引き換えに井伊家再興を家康(阿部サダヲ)へ請う書状を送り、武田の駿河侵攻で国人が相次いで離反し、氏真は窮地に陥る。
第33回
嫌われ政次の一生
約束に従い井伊谷へ入る徳川勢を矢が襲い、政次(高橋一生)への罪の着せ替えが近藤の仕業と判明。直虎(柴咲コウ)は無実を訴えて監禁されるが、家康(阿部サダヲ)が姿を見せる。
第34回
第35回
蘇えりし者たち
家康(阿部サダヲ)の約束に反して気賀の民が殺され、直虎(柴咲コウ)は駆けつけた先で死線をさまよう龍雲丸(柳楽優弥)を見つける。必死に手当てを続けるが、彼の命は危うい状態が続く。
第36回
井伊家最後の日
徳川と今川が和睦し遠江に平穏が戻るなか、直虎(柴咲コウ)は井伊家の再興がまた戦を招くと恐れ、腰を上げられないでいた。そんなとき松下常慶(和田正人)が訪れ、虎松を松下家の養子にと頼み込む。
第37回
武田が来たりて火を放つ
農婦として新たな日々を送る直虎(柴咲コウ)のもとで、龍雲丸(柳楽優弥)に堺から商売の誘いが届き、同行を求められる。しかし同じ頃、武田の大軍が遠江へ攻め込み、井伊谷が危機に陥る。
第38回
井伊を共に去りぬ
武田への服属を求めるため、直虎(柴咲コウ)は農民たちを解放して戦力を奪い、抗戦を貫く近藤を追い詰める。だが近藤の放火と武田軍の報復で井伊谷は焼け野原となり、二年後の直親(三浦春馬)の十三回忌法要に成長を遂げた虎松が訪れる。
第39回
虎松の野望
龍潭寺での直親(三浦春馬)の十三回忌の法要を機に、直虎(柴咲コウ)は六年ぶりに虎松と対面する。井伊の里の豊かさを自らの目で確かめた虎松は直虎の治世に感服して井伊家再興の志を固め、家康(阿部サダヲ)との対面の時を迎える。
第40回
天正の草履番
万千代と名を改めた虎松は、井伊家再興と引き換えに草履番として家康(阿部サダヲ)に仕え、慣れぬ仕事に苦労する。松下の名を捨てたことを知ったしのが怒りを示す一方、直虎(柴咲コウ)は虎松を説得するため浜松へ向かう。
第41回
この玄関の片隅で
小姓となる条件を満たすべく後任探しに励む万千代と万福(井之脇海)の前に、正体不明の中年・ノブが現れる。同じ頃、武田軍が遠江へ侵攻し、戦備に大量の材木を要する家康(阿部サダヲ)の動向が万千代の耳に届く。
第42回
第43回
恩賞の彼方に
万千代は武具の手入れぶりを家康(阿部サダヲ)に認められ、小姓に昇格する。長篠の合戦の恩賞に悩む家康へ武功の一覧化を献策し、一方の井伊谷では乱伐が招いた山崩れを受け、直虎(柴咲コウ)は植林による復旧を近藤へ訴える。
第44回
井伊谷のばら
浜松城で万千代と万福(井之脇海)の甲冑着初め式が行われる一方、井伊谷では祐椿尼(財前直見)が病に臥す。直虎(柴咲コウ)は見舞いを願い、田中城攻めに同行した万千代は家康(阿部サダヲ)の寝所近くで異変に気づく。
第45回
第46回
第47回
第48回
信長、浜松来たいってよ
武田家滅亡で駿河を得た家康(阿部サダヲ)のもとへ、信長(市川海老蔵)が駿河・遠江の名所巡りを望む。万千代は接待役となり、井伊谷では迷子を見つけた直虎(柴咲コウ)が身元を調べ始める。
第49回
第50回
石を継ぐ者
本能寺の変の後、直虎(柴咲コウ)の援助で家康(阿部サダヲ)は三河へ帰還。龍雲丸(柳楽優弥)と別れて井伊谷に戻った直虎は明智の遺児を逃がそうとするが、万千代は徳川への引き渡しを求める。