第1回
俺は強い!
関ケ原の戦で敗れた武蔵(市川海老蔵)と又八(内山眞人)は、母娘に雇われ野盗の一味と戦う。一方越前では小次郎(大高力也)が師の命で許嫁の父を斬り、逃れる道中でお篠と出会う。
第2回
お前を守る!
又八(堤真一)と別れて故郷へ戻った武蔵(市川海老蔵)は、殺人を疑われて役人に包囲され、巨木に縛られる。沢庵(渡瀬恒彦)が身柄を請け負おうとする中、負傷させた村人が死亡したことが分かり、お通(米倉涼子)が人知れず武蔵を逃がす。
第3回
弱さを知れ!
沢庵(渡瀬恒彦)に救われた武蔵(市川海老蔵)は姫路城へ預けられ、城主・輝政(中村勘九郎)から宮本武蔵の名を授けられそうになるが、過酷な修行に耐えかね脱走する。同じころ柳生では一族が集っていた。
第4回
第5回
一から出直せ!
清十郎(榎木孝明)に負けた武蔵(市川海老蔵)は山で修業に打ち込む。又八(堤真一)は小次郎(大高力也)あての目録と大金を得るも大阪で奪われ、武蔵を探すお通は兵庫助(高嶋政伸)に救われて柳生の里へ招かれる。
第6回
決闘! 般若坂
宝蔵院の阿厳(武藤敬司)を一瞬で打ち倒した武蔵(市川海老蔵)は、名を騙る牢人たちの挑戦状により般若坂へ向かい包囲される。実戦を経て二刀流に目覚め、無敗の当主・胤舜(浜田学)との立ち会いを望む。
第7回
第8回
いざ! 柳生の剣
柳生へ乗り込んだ武蔵(市川海老蔵)は石舟斎(藤田まこと)と対するが、無刀取りの前に為す術なく敗れる。一方の小次郎(松岡昌宏)はお篠との面会を断られ、琴に促されるまま京へ旅立つ。
第9回
おのれを知れ!
京へ戻った武蔵(市川海老蔵)は沢庵(渡瀬恒彦)から姉お吟が宇治にいると告げられ、柳生では里の平穏を優先する石舟斎(藤田まこと)らと徳川家との縁を望む宗矩(中井貴一)が対立する。お通(米倉涼子)は武蔵を追い、りんは夫の在り様に苦悩する。
第10回
宮本武蔵参上!
武蔵(市川海老蔵)は本名を名乗って清十郎(榎木孝明)に再戦を求めるが藤次(阿部寛)に妨げられ、五条橋に決闘の呼び掛けを掲げる。又八(堤真一)は武蔵との境遇の違いに思い悩み、お通(米倉涼子)は絃三に連れ去られそうになる。
第11回
修羅の道へ!
武蔵(市川海老蔵)との決闘に敗れ、清十郎(榎木孝明)は右腕を失う。芸術家・光悦(津川雅彦)の誘いで吉野太夫(小泉今日子)と対面した武蔵は、闘いの道を進むことへの厳しい指摘を受ける。
第12回
俺は死なない!
兄の仇を狙う伝七郎(光石研)を三十三間堂で討つ武蔵(市川海老蔵)。藤次(阿部寛)は一門を集め小次郎(松岡昌宏)にも加勢を仰ぎ、一乗寺で武蔵の前に現れた小次郎は、総大将が十歳の少年だと明かす。
第13回
一乗寺の決闘!
一乗寺下り松の決闘の日、甥を利用しようとする藤次(阿部寛)は清十郎(榎木孝明)にたしなめられ、門弟を街道に配置して武蔵(市川海老蔵)を銃で狙う。早朝から集まった大勢の見物人の中、武蔵は決闘に向かう。
第14回
美は美なり!
吉岡一門との対決を制した武蔵(市川海老蔵)は、お通(米倉涼子)に拒まれて心を乱し、比叡山での鍛錬を試みるが僧たちに受け入れられない。藤次(阿部寛)は酒浸りの日々を送るが、お甲(かたせ梨乃)の叱責で立ち直り、武蔵への復讐を誓う。
第15回
響け! 笛の音
光悦(津川雅彦)宅で穏やかな日々を取り戻したお通は、自分の過去を妙秀に明かし、武蔵(市川海老蔵)を追うか平穏を選ぶかで揺れる。沢庵(渡瀬恒彦)も宗矩(中井貴一)の江戸行きへの同行を石舟斎(藤田まこと)に請われ、権力との向き合い方に迷いを抱く。
第16回
伊達の刺客!
雨宿り先の農家でお篠と休雪(遠藤憲一)に出会った武蔵(市川海老蔵)は、二人を襲う伊達の刺客との乱闘で敵を倒すが、休雪が毒矢に倒れる。お篠(宮沢りえ)が毒を吸い出して休雪を救う姿に、武蔵はお通を思い出す。
第17回
おのれの道!
家族の暮らしのため奉職先を探す玄竜(本田博太郎)とともに武蔵(市川海老蔵)も願い出て即座に受けられるが断る。彼が去れば先が立たないと焦った玄竜に切りかかられ、武蔵は生きるために矜持を捨てた男を憐れんだ。
第18回
第19回
風雲の江戸!
家康(北村和夫)を狙う又八(堤真一)が江戸入りし、後を追うお杉はスリに遭うが大工棟梁の弥次兵衛に救われる。小次郎(松岡昌宏)と琴も到着し、お篠(宮沢りえ)は傷ついた休雪(遠藤憲一)をいたわり旅を続ける一方、武蔵(市川海老蔵)も独りでは強くなれない思いから江戸を目指す。
第20回
家康暗殺!
道中の木地師夫婦の支え合いに心を動かされ、武蔵(市川海老蔵)は独りではない生き方を思う。城太郎(三浦春馬)は母と再会してお通を見送り、又八(堤真一)は絃三から絵図を渡されて家康(北村和夫)暗殺の命を受ける。
第21回
必殺の鎖鎌!
武蔵(市川海老蔵)は鎖鎌の達人・かつ(水野美紀)と出会いその技を目にするが、かつの夫にとって武蔵は兄の敵にあたる人物だった。宗矩(中井貴一)は小次郎(松岡昌宏)の登用を見送り、りんは夫の態度に悩む。
第22回
対決! 宍戸梅軒
梅軒(吉田栄作)は武蔵(市川海老蔵)を酔わせて不意を突くが逃げられる。死を恐れる理由を家族の存在に明かした末の決闘で敗れ、妻子を故郷へ送るよう遺して果てる。
第23回
夫の仇!
武蔵(市川海老蔵)はかつの故郷・御嶽へ向かうが、道中で梅軒(吉田栄作)の仇を討とうとするかつや藤次(阿部寛)一味に襲われる。御嶽では武蔵の詫びをかつが受け入れ、江戸に着いたお通は又八(堤真一)と思いがけず再会する。
第24回
蘇る! 戦いの日々
武蔵(市川海老蔵)はお通と又八(堤真一)に会いたい一心で江戸へ向かうが、道中で病に倒れる。高熱の夢の中に戦いの日々や小次郎(大高力也)との出会いがよみがえり、江戸に着いたお通も床に伏していた。
第25回
お通の涙
武蔵(市川海老蔵)は父を弔うため亡骸を裁く少年と出会い、埋葬に力を貸す。江戸の又八(堤真一)は意識の戻らぬお通を看病しつつ、湯屋で働く朱実(内山理名)の夜の身を案じる。
第26回
柳生の誘い
江戸入りした武蔵(市川海老蔵)は政宗(西村和彦)に招かれ、命を盾に仕官を迫られ緊張の対面となる。宗矩(中井貴一)は武蔵を柳生家に引き入れようとし、小次郎(松岡昌宏)は遊女となったお篠に身請け話を持ちかける。
第27回
再会! 武蔵とお通
武蔵(市川海老蔵)は江戸で又八(堤真一)と再会し、病のお通を必死に看病して健康を取り戻させる。そのころ小次郎(松岡昌宏)は、女の死に打たれ、お篠(宮沢りえ)を身請けする決意をする。
第28回
第29回
小次郎動く!
細川家への仕官を望む小次郎(松岡昌宏)は、忠利(阪本浩之)の面前での立ち合いに勝つが、嫌われて受け入れられない。しかし家中の継嗣問題をにらみ、忠利派の重臣が小次郎の登用を進める。
第30回
第31回
第32回
武蔵の決意
中津の城で小次郎(松岡昌宏)が兵法者たちを破り、無敵の剣士と呼ばれる。仕官に応じない武蔵(市川海老蔵)を京へ招くため、備前は無二斎(ビートたけし)を使いに立てることを考え、三之助(小池城太朗)が武蔵へ書状を届ける。
第33回
父との再会
父の仇討ちにより役人に追われるお菊を、京へ向かう武蔵(市川海老蔵)が救う。お通(米倉涼子)は武蔵の出発を知って柳生の里へ行かなかったことを悔い、武蔵と再会した無二斎(ビートたけし)は細川家の二百石につられて土下座で仕官を乞う。
第34回
対決! 夢想流
小倉へ旅する武蔵(市川海老蔵)は、道中で権之助(大柴邦彦)と母たかの挑戦を受ける。勝てば仕官がかなうと息子を励ます母の必死の姿に隙を突かれ、武蔵は負ける。お通(米倉涼子)たちは美作へ向かう。
第35回
武蔵、小倉へ!
小倉へ赴く武蔵(市川海老蔵)は斬りかかった藤次(阿部寛)を討ち取り、藤次は武芸者としての最期に満足の色を見せて果てる。お通(米倉涼子)たちは美作への道中で権六(谷啓)を亡くし、武蔵が峠越えで向かった宮本村には、旅の途中の沢庵(渡瀬恒彦)がいた。
第36回
第37回
巌流島への道
島での対決は真剣勝負に決する。小次郎(松岡昌宏)は勝者の命も狙われると知り、篠を通じて油断なきよう伝える。武蔵(市川海老蔵)は小次郎の強さを痛感し、勝機を探りながら島へ渡る。
第38回
決闘! 巌流島
巌流島の決闘を控えた武蔵(市川海老蔵)は船の櫂から木刀を削り出し、お通(米倉涼子)や又八(堤真一)、朱実(内山理名)はそれぞれの地で勝ちを願う。小次郎(松岡昌宏)は遅れて現れた武蔵を待ち受け、両者の勝負は互角のまま進む。
第39回
武蔵帰還
小次郎(大高力也)を破った武蔵(市川海老蔵)は美作へ戻り、剣から手を引く誓いを述べ、お杉(中村玉緒)やお通と荒れ地の開拓に乗り出す。大坂の豊臣側は徳川の忠告に耳を貸さず対抗の構えを保ち、江戸の幕閣は親豊臣の大名の挙兵を警戒した。
第40回
第41回
又八 危うし!
大砲を売った疑いで兵庫助(高嶋政伸)に詰め寄られた又八(堤真一)は、逃れた先で九度山の幸村(中村雅俊)に捕らわれる。新田を耕す武蔵(市川海老蔵)は又八救出のため幸村を説得するが、聞き入れられない。
第42回
武蔵と幸村
幸村(中村雅俊)は武蔵(市川海老蔵)を信じず、徳川方が埋めた竹槍のある崖からの飛び降りを迫る。重傷を負った武蔵の覚悟に心を動かされた幸村は又八(堤真一)を放免し、傷の癒えた武蔵に大阪城へ入ると打ち明ける。
第43回
武蔵村の危機
九度山から戻った武蔵(市川海老蔵)の村で、参戦を望む浪人による殺人が起こる。武蔵は柵を築いて村を守ろうとするが、キリシタンが大坂側に付くという噂から、村の女性たちが徳川の役人に捕らえられてしまう。
第44回
お杉逝く!
武蔵(市川海老蔵)は村への襲撃を悟り、又八(堤真一)の後押しもあって住民全員が移住を受け入れる。しかし先に旅立った一行を待ち受けていたのは兵庫助(高嶋政伸)さえ知らない柳生の策略で、三之助(小池城太朗)をはじめ多くの住民が犠牲となる。
第45回
冬の陣開戦!
大坂へ来た武蔵(市川海老蔵)とお通は又八(堤真一)の家にたどり着き、柳生の襲撃で武蔵村が滅んだと知る。三之助(小池城太朗)を救えなかった詫びを備前に伝えた武蔵は、宗矩(中井貴一)の真意を確かめるべく又八とともに徳川の陣形を探り始める。
第46回
宿敵! 柳生宗矩
武蔵(市川海老蔵)は又八(堤真一)を狙う男と斬り合うが、お通(米倉涼子)のとりなしで大坂への武器提供を断つ条件で又八は救われる。美濃で朱実(内山理名)が又八の子を産んだと聞いた彼は、徳川軍に包囲された大坂を抜け出し、親子のもとへ向かう。
第47回
涙の別離
我が子との対面を果たして大坂に戻った又八(堤真一)は、今後は危険な商いに手を出さないと武蔵(市川海老蔵)とお通に告げる。朱実(内山理名)が得たマリア像に母の姿を重ねた二人は、キリシタンのいる堺へ向かう。
第48回
第49回
武蔵よ永遠に!
夏の陣で豊臣方が劣勢となる中、武蔵(市川海老蔵)は炎上する大坂城で宗矩(中井貴一)を探し当て、互いに鎧を脱いでの一対一の勝負に及ぶ。戦火に乱れる町を抜け、武蔵はお通と共に大坂を後にする。